电子商务中，商标权遭遇侵权主要有以下几种情形
1、商标被注册为域名;
2、商标被使用于企业名称;
3、在相同或类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标;
4、网络销售侵犯注册商标专用权的商品等。
随着电子商务的商标侵权行为越来越多地以综合化和新类型化的形式出现，商标案审判也出现了三难。
1.商标保护管辖确定难
审理商标侵权行为，有管辖权的法院包括：被告所在地、侵权行为发生地和侵权结果发生地三个所属地的法院。如何确定电子商务行为的侵权行为地，现有知识产权法律体系下并无明确规定。海淀法院认为，最高人民法院在《关于审理涉及计算机网络著作权纠纷案件适用法律若干问题的解释》中对网络著作权侵权纠纷案件的侵权行为作出了相应的规定，在网络环境下，确定著作权侵权和商标权侵权行为具有本质上的相似性，因此网络著作权侵权案件中的管辖地确定规则亦可适用于商标权案件。需要注意的是，在电子商务交易中，可能会涉及商品的交付，该交付的结果意味着一定行为的完成，应当视为侵权结果发生地。因此，该地点亦属于电子商务活动中商标权纠纷的侵权行为地。
2.侵权主体评定难
依据证据规则，往往需要原告对侵权行为的实施主体负起证明责任，当事人一般通过工业和信息化部ICP备案信息、工商局经营性网站备案信息或被告在相关网站上的地址、电话等联系信息用以判断侵权行为人，但实践中困难重重，原因在于电子商务以往缺乏实名制。
3.网络服务提供者责任认定难
电子商务中，网络服务提供者并不直接参与商品销售行为，故一般不会发生因商品销售而引起的直接侵权行为，其行为大多是间接性的帮助行为。按照侵权法的一般理论，构成侵权行为应当具有“行为的违法性、损害事实、因果关系、主观过错”四要件;而其中判断是否存在主观过错，明知和应知是重要的标准。“明知应知标准”实际上仍是一个不确定的标准，法院需要通过各种因素综合判断，如是否是驰名商标等。
所以权利人在申请商标时，尽可能将商标名，公司名，域名统一，且相关联类别一定要同时申请和保护，以免被别人抢注。
